藻红蛋白PE是一种从藻青菌（Cyanobacteria）和真核菌类中来的，十分稳定且具有很强溶解性的荧光蛋白。该蛋白含有共价连接的四吡咯基团，它的生物学作用是聚集光，它利用荧光共振能源传递转化成一对特殊的叶绿素分子，再定位到光合反应中心。因为具有光收集功能，光吸收和发射荧光最大，而内部能量的传递或外界pH值或离子组成对荧光猝灭可以讲影响降低到最小，PE利用共价键结合的形式与抗体免疫球蛋白或其他蛋白质结合，形成稳定的复合。应用其复合物进行免疫荧光组织化学、流式细胞仪和FISH的检测，对抗原或DNA、RNA进行定量和定性分析，也是双重标记或多重标记首选的荧光蛋白。在荧光标记上作为一种荧光染料有以下优点：

1、与许多生物学或合成材料的多位点稳定交联；

2、Stokes移位相当大，具极高的发射量子产率；

3、有明确分子质量的齐性结构；

4、具有非常高的水溶性；

5、荧光不被外部试剂猝灭，通过与蛋白质主链的共价结合, 荧光基团可被保护；

6、具有强的长波长激发和发射荧光，可避免来自其他生物材料荧光的干扰。

       PE有三种类型，分别为R—藻红蛋白（R-PE）、D—藻红蛋白（B-PE）和异位（或别）藻蓝蛋白（APC）。PE的光谱特点是各型藻红蛋白的光量子产率高达0.98，消光系数高达2．4X106cm-1·mol．L-1。以lmol为基准，在可比较的波长，荧光产率等于至少30个未猝灭的荧光黄分子或100个罗丹明分子的荧光产率。各型藻红蛋白均有商品化产品，例如二抗标记的B-PE、R-PE和APC，生物素化的B—PE、R-PE和APC，亲和素标记的B-PE、R-PE和APC产品。