别藻蓝蛋白是从蓝绿藻中分离纯化的，能发出强烈的荧光、具有很好的吸光性能和很高的量子产率的藻胆蛋白，在可见光谱区有很宽的激发及发射波长范围。是用于生物学检测的超灵敏荧光染料，它们比传统的有机荧光团灵敏度高 100 倍。用常规的标记方法可以很方便地将其与生物素、亲和素和各种单克隆抗体以及蛋白质结合起来制成荧光探针，用于荧光显微检测、荧光免疫测定、双色或多色荧光分析、癌细胞表面抗原检测、流式细胞荧光测定等抗体荧光标记以及活体成像应用等诊断及生物工程技术；还可用于美容保健行业。

     其分子量约 104,000 道尔顿，组成方式为：蛋白的亚基组成为(alpha-beta)3。 每个 alpha-亚基和 beta-亚基约 17,000 道尔顿。作为荧光蛋白时最大吸收峰值为652，荧光发射峰值为662。

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