藻红蛋白是一种来源于海藻且相当稳定的具有很强溶解性的荧光蛋白。

因为具有光收集功能，藻红蛋白的光吸收和发射荧光最大，而内部能量传递或外界pH值或离子组成对荧光猝灭影响降低到最小。藻红蛋白利用共价键结合的形式与抗体免疫球蛋白或其他蛋白质结合，形成稳定的复合。

应用其复合物进行免疫荧光组织化学、流式细胞仪和FISH的检测，对抗原或DNA、RNA进行定量和定性分析，也是双重标记或多重标记首选的荧光蛋白。

藻红蛋白作为荧光标记物具有以下特点：

　　①具有强的长波长激发和发射荧光，可避免来自其他生物材料荧光的干扰；

　　②Stokes移位相当大，具极高的发射量子产率；

　　③荧光不被外部试剂猝灭，通过与蛋白质主链的共价结合, 荧光基团可被保护.

　　④具有非常高的水溶性；

　　⑤有明确分子质量的齐性结构(homogeneousstructure)；

　　⑥与许多生物学或合成材料的多位点稳定交联。